在养德国牧羊犬的家长一定都明白其最常见的问题，就是皮肤方面的疾病。一般来说，德国牧羊犬几乎很少生病，它们本身属于健康型的犬种，但这并不代表德国牧羊犬就没有基因卖狗网方面的问题，而相信许多家中饲养德国牧羊犬的饲主。

　    在德国牧羊犬的皮肤问题上，最常发生的就是异位性皮肤炎的问题，而且好发在母犬身上，从六个月大开始一直到七岁之前都很容易发生;此外，在迷你德国牧羊犬身上，还容易患有一种名为德国牧羊犬粉刺症(Schnauzer comedo syndrome)的疾病。

德国牧羊犬的皮肤生性敏感，很容易因为洗毛精清洁不完全或过敏，而引发表浅化脓性坏死性皮肤炎(Superfical suppurative necrolytic dermatitis)，或是因为对磺胺剂类型药物过敏，而德国牧羊犬价格造成皮肤发炎的现象。除此之外，德国牧羊犬也容易患有糖尿病以及低甲状腺功能症方面的内分泌问题。

在胃肠道方面，则容易发生先天性肝门脉分流、以及出血性胃肠炎(通常好发于两岁至四岁之间)。这种出血性胃肠炎不是病毒造成的，较容易发生在迷你型德国牧羊犬身上，而就大型德国牧羊犬来说，因为牠们对于维他命B12会有吸收不良的问题，而且非常有可能会造成不再生性的贫血现象(通常好发于六周至十二周的狗狗身上)，饲主要特别注意。

在肾脏及泌尿道方面，德国牧羊犬最常发生以下几种常见的结石症：像是Urate、Calcium Oxalate、Struvite、Calcium Phosphate、Silica等，都是常见的结石。而就眼睛方面，则要非常注意青光眼及白内障的症状。